• Gestión agronómica de cultivos. 
• Monitorización y evaluación de sistemas agroforestales. 
• Investigación sobre biodiversidad microbiana y monitorización de cambios en los ecosistemas a través de secuenciación de ADN ambiental y ADN metabarcoding. 
• Mejora de la productividad de cultivos, adaptación al cambio climática y lucha integrada. 
• Mejora de las práctica agroecológicas tradicionales. 

a) Estudio y seguimiento de la biodiversidad de suelos agroforestales de la región mediante métodos de análisis de ADN ambiental y ADN metabarcoding que permiten determinar la distribución, la abundancia, el cambio estacional y la migración de las especies presentes en muestras ambientales.

b) Estudio del microbioma de suelos agrícolas perfilando comunidades microbianas completas en muestras ambientales complejas, de tal manera que la comprensión de las diferentes poblaciones microbianas presentes permitan determinar las prácticas más idóneas o adecuadas para los diferentes perfiles de suelo agrícola estudiados y generar guías de aplicación de soluciones o implementación de prácticas agrícolas eficientes que beneficien tanto al rendimiento de la actividad agrícola como a la regeneración y resiliencia del agroecosistema del suelo.

c) Estudio y desarrollo de bioproductos con potencial agronómico, los cuales permitirán conseguir una mejora sustancial de la productividad de los cultivos y su adaptación frente a diferentes condiciones adversas. También se trabajará en la mejora de prácticas agroecológicas más tradicionales, como puede ser la rotación de cultivos, el aumento de polinizadores y depredadores naturales para una lucha integral de plagas y enfermedades, control natural de adventicias, etc. Además, está previsto investigar la actividad biométrica y fotosintética de árboles y plantas, lo que permitirá hacer una evaluación del cambio climático y mejora de la salud de las masas vegetales tanto en cultivos agrícolas como forestales.

• Desarrollar y mantener entornos rurales y urbanos sostenibles, vinculados a una productividad agrícola y forestal eficiente y sostenible.
• Implementar soluciones agroforestales como método sólido para abordar el cambio climático y sus desafíos.
• Investigar y entender los efectos del cambio climático en las masas arboladas forestales, zonas verdes urbanas y cultivos agrícolas, con el fin de desarrollar estrategias de mitigación.
• Abordar el fenómeno del «decaimiento forestal» mediante estudios detallados de las causas y efectos en las masas forestales.
• Investigar la fragilidad de los cultivos frente al cambio climático para desarrollar prácticas agrícolas más resilientes y rentables.

• Investigación en nuevos sistemas y mejora de cultivos: lucha biológica, control de adventicias, rotación y asociación de plantas, bio-resistencia a plagas, mejora de la producción, estrategias de RNAi y genética vegetal y soluciones de agricultura urbana